会社としての年末調整は、サラリーマンの年末調整のように「控除申告書」を提出して終わり、ではありません。
そこから所得税を計算し、１２月分の給与から源泉徴収する金額を調整します。　多くの場合は還付されるので、１２月は給料が増えるんですよね。

今年は初めて、これを自分で計算します。　社員は私と妻の２人だけですし、妻は配偶者控除の対象で所得税はゼロです。

計算したら、法定調書（↓の総括表など）をまとめて記載し、
　　　　　　　給与支払報告書（総括表）の書き方（PDF）
・１月１０日までに所得税を税務署に納めて、
・１月末日までに法定調書を税務署と市町村に提出します。

ここまでやれば、あとは個人の確定申告で医療費の申請と、会社の期末の２月決算（決算書提出は２ヵ月後の４月末日）で１年が終わります。

会計ソフトは「会計王５」。　これとの格闘が待っています。（苦笑）
徐々に家内（一応、取締役）に申し送る予定。