HTTP ERROR 500 が出ます

お世話になります。

　d3diary 最新版（0.50.1）を導入（xupdate にて）しました。
　基本的には動作しているのですが、時として以下のようなエラー出ます。

このページは動作していません
bwcfura.northern-pika.com では現在このリクエストを処理できません。
HTTP ERROR 500
［再読み込み］

　サーバーのログを見ると 「File does not exist:」 が残っていました。

　起きるタイミングは、例えば 「最新の日記一覧」 を表示させ、しばらく読んでいなかった記事を選んで 「続きを読む」をクリックしたときなどに発生します。
このメッセージが表示されてから数１０秒放置し ［再読み込み］ ボタンを押すと正常に目的の記事が表示されます。
　再度、同じ事を行った場合はエラーは出ずすぐに記事が表示されます。-> キャッシュが効いている？

　サイトの他のモジュールの動作はページ遷移の時に新ページに移るのにちょっと時間がかかっています。
データベースへのアクセスが遅いためと思われますが、このようなエラーは起きていません。

　タイムアウト？のようなことが起こっているように思われますが、対処法ご検討いただければ幸いです。

　http://bwcfura.northern-pika.com/ の 「Main Menu」 - 「寄り鳥見鳥2」 状況確認が出来ます。
以上よろしくお願いいたします。

　サイトの情報は以下です。

サーバー環境

(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")XOOPSXOOPS Cube Legacy 2.2.1
(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")LANGUAGEjapanese
(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")SERVERApache
(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")PHP5.2.11
(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")MySQL5.1.51
(($m[1]=="1"||$m[1]=="a"||$m[1]=="A"||$m[1]=="r"||$m[1]=="R"||$m[1]=="d")?"+":"-")altsysv0.82OK